高通量测序常见问题

Q: 项目完成后，赛思特生物能将原始样品返还给我吗？

A: 对于客户提交的原始样品或提取后的核酸样品，如有剩余，项目交付日期起2个月内(含2个月)免费保存，超过2个月即进行样品清理。如需返样请在项目交付后一周内通知项目管理，相关费用客户自理。

Q: 我怎样监控NGS项目进程？

A: 赛思特生物在收到样品和完成样品检测时都会向客户发送邮件。此后，赛思特生物每周向客户更新一次项目进展，直到项目结束。

Q: 赛思特生物如何保证测序数据的安全性？

A: 赛思特生物非常注重客户信息的保密性及保护知识产权的安全性，并对结果严格保密，不会泄露给第三方。如需获得更多信息，请联系客服。

Q: 什么是全基因组重测序？

A: 全基因组重测序是对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异信息分析的方法。

Q: 什么是基因组de novo测序？

A: de novo测序也称为从头测序，不依赖于任何参考序列就可以对某个物种进行测序并利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。

Q: 我想进行全基因组测序，贵公司可以接受哪些类型的样品？

A: 赛思特生物可以接受多物种多类型的样品，gDNA、细胞、血液、新鲜组织、冷冻组织、石蜡切片（FFPE）、制备好的文库等多种类型的样品都可以送至公司检测。如您不能确定是否可以检测，可以通过邮件或电话咨询。

Q: 为什么要进行人全基因组测序？

A: 从个体角度来讲，人出生时可能就携带了一些致病基因，在之后的生活过程中，可能又有一些基因突变导致诸如癌症等疾病的发生，通过全基因组测序可全面挖掘DNA水平的遗传变异，为筛选疾病的致病及易感基因，研究发病及遗传机制提供重要信息；同时对基因治疗、风险人群的疾病预防、环境因子等方面的研究具有重要意义。 从群体水平来讲，全基因组测序对研究不同人种的亲缘关系和研究生物进化提供分子水平的支持。

Q: 测序深度如何选择？

A: 根据不同的研究目的，测序深度的选择是不一样的。测序错误率或变异检测（如SNP）假阳性结果会随着测序深度的提升而下降，根据统计，当测序深度达到30X时，SNP检测才会达到饱和，所以个体的全基因组遗传信息检测推荐30X测序深度，癌组织检测推荐50X及以上，以保证中低频变异的检测成功率；群体遗传学分析时是通过计算基因组不同区域的多样性变化来推断，一般10X测序深度即可满足要求。

Q: 全基因组重测序服务可以提供哪些分析内容？

A: 基本的信息分析包括数据质控，与参考基因组进行比对、统计测序深度及覆盖度，全基因组区域的SNV/InDel检测及注释，样品间差异SNV/InDel统计，Somatic SNV检测（癌组织），突变位点对应基因的GO富集和KEGG富集分析，基因组结构变异分析（CNV、SV）。另外，我们公司可以根据您的需求提供个性化的高级分析服务，详情请与技术支持联系沟通。

Q: 如何验证重测序的结果？

A: 通过全基因组重测序一般能够发现SNP、InDel、SV、CNV等多种遗传变异，不同的变异类型，其验证方法也不相同： ① SNP和InDel可以通过一代测序的方法进行验证，即设计引物PCR扩增包含该SNP/InDel位点的区段，并进行Sanger测序；② CNV可通过Real-time PCR对存在拷贝数变异的片段进行扩增，并根据CT值估算不同个体的拷贝数变化倍数。 ③ 小的SVs可通过PCR扩增和测序辨别，而大的SVs则需要通过亚显微方法发现，如FISH等。

Q: 宏基因组测序可以提供哪些分析内容？

A: 宏基因组测序可提供以下标准分析内容：

1. 去除低质量Reads 和Adaptors

2. 宏基因组组装（多个样本默认分别组装，合并后聚类进行后续分析）

3. 物种组成和丰度计算

4. 基因预测

5. 构建非冗余基因集

6. 基因丰度统计

7. 基因功能注释 （eggNOG、KEGG和CAZy）

另外，如有个性化分析内容请和赛思特生物项目管理团队沟通。